Okulumuz 1995-1996 Eğitim-Öğretim yılında Çiğli Teğmen Ali Rıza Akıncı Lisesi bünyesinde 1 hazırlık sınıfı ile eğitim-öğretime başlamış; 1997-1998 Eğitim-Öğretim yılından itibaren Çiğli Milli Piyango Anadolu Lisesi  bünyesinde  4 yıl  eğitim-öğretim faaliyetine  devam etmiştir.

07.08.2001 Tarihinde Çiğli Sasalı Belde'sinde bulunan halen eğitim-öğretim faaliyetini sürdürdüğümüz kendi binamıza taşınılmıştır. Bugün, 2013-2014 Öğretim yılında 19 şubede toplam 540 öğrenci ile eğitim öğretime devam edilmektedir.

Bünyesinde 1 spor salonu, BT sınıfı,  Kütüphane, Bilgisayar, Fizik, Kimya, Biyoloji Laboratuarları, Resim ve Müzik Sınıfları ve ayrıca 23 dersliği bulunmaktadır. 

2006 yılında okulumuz bünyesinde 72 kız, 72 erkek olmak üzere toplam 144 öğrenci kapasiteli pansiyon açılmış; yine aynı yıl okulumuza  6 dairelik bir lojman binası kazandırılmıştır.

Okulumuz Haziran 2014'de Fen Lisesine dönüştürülmüştür. İngilizce ağırlıklı öğretim yapan okulumuzda 2. yabancı dili Almancadır. 

Çiğli Fen Lisesi olarak 2014-2015 eğitim öğretim yılında 9. sınıflar öğrenimlerine başlamışlar, 10.,11., ve 12. sınıflar Anadolu Öğretmen Lisesi olarak öğrenimlerine devam etmişlerdir.